Plus d’un an s’est écoulé depuis la signature d’un cessez le feu entre les colonies de Zaft et l’alliance terrestre. La jeune ambassadrice d’Orb, Cagali Yula Athha effectue un voyage officiel sur la colonie L4, Armory One, pour rencontrer le nouveau président du conseil de Plant et des coordinateurs, Gilbert Dullindal. Le célèbre héros de la bataille de Yakin Due, Athrun Zala, est devenu garde du corps de Cagalli après la guerre, et assure donc sa protection pendant ce périple.
Alors qu’ils visitent tous les deux la base militaire de Zaft et découvrent de nouveaux modèles de robots Gundam, une mystérieuse force spéciale affiliée à l’alliance terrestre, lance une attaque sur la base. Les intrus dérobent les précieux Gundam et anéantissent quasiment toutes les forces de défense présentes sur place. Cagali et Athrun réussissent à s’en sortir en embarquant sur le Minerva, le nouveau fleuron de la flotte spatiale commandé par Talia Gladys. A son bord se trouvent également des pilotes d’armures mobiles, tels que Rey Za Burrel Lunamaria Hawke ou encore Shinn Asuka. Ce dernier est un réfugié venu d’Orb qui a perdu toute sa famille lors de la guerre précédente. Ses rapports avec Cagalli sont extrêmement tendus.
Le Minerva part dans l’espace à la poursuite des armures mobiles volées et se retrouve face un vaisseau de l’alliance, le Girty Lue. L’issue du combat entre les deux camps est incertaine.
Pendant ce temps, sur la Terre, l’organisation secrète Blue Cosmos se met en branle. Lord Djibril a réussi à fédérer de nombreux dirigeants de la Terre au sein de son organisation en les faisant adhérer à ses thèses extrémistes. Son objectif est d’exterminer les coordinateurs. Il lance un plan diabolique.
Mon perso préféré : Athrun Zala